各サンプル規程内で「社員等」「社員」「従業員」の言葉が混在しておりますが、どのような基準で使い分けをされていますでしょうか。

当サンプル文書集では、以下のとおり定義しております。

　従業員（※）＝ 雇用関係にある全ての人（正社員を含む）
　社員　＝ 正規社員のみ
　社員等　＝　従業員と同じ

※ JISQ15001　3.42 従業者

個人情報取扱事業者の組織内にあって直接間接に組織の指揮監督を受けて組織の業務に従事している者などをいい，雇用関係にある従業員（正社員，契約社員，嘱託社員，パート社員，アルバイト社員など）だけでなく，雇用関係にない従事者（取締役，執行役，理事，監査役，監事，派遣社員など）も含まれる。

ちなみに、プライバシーマークサンプル文書集では、PMSマニュアルの「附属書 PMS用語集」で「全従業員、社員等」を定義しております。
ISMSサンプル文書集では特に定義していませんが、同様の定義で使用しております。

辞書では、従業員は「業務に従事している人」と定義されていますが、一般的には企業と雇用契約を結んでいる労働者のことを従業員と呼びます。

従業員とは、あくまで法律で定められた言葉ではなく、法律上では「労働者」といった言葉が使われるのが一般的のようです。

よって、一般的に「社員」と言えば正社員のことを指し、「従業員」と言えば正社員を含むその他雇用形態（契約社員・アルバイト・パート）などを指すことになるかと思います。

なお、これらに明確な違いはなく、各組織によってその範囲は異なるかと思いますので、ご指摘のように各組織で定義されるのも良いと思います。