社内業務やバックアップの目的で電子データ化した場合、情報資産台帳には紙と電子データそれぞれで作成する必要がありますか？

ご質問の件、ご指摘の認識で問題ないと思います。

まず、紙と電子データでは脅威（電子：ウイルス感染、紙：破れる）や対策（電子：ウイルスソフト、紙：ファイリング）などが異なりますので、情報資産台帳の項目としては紙と電子データのそれぞれで作成する必要があります。

入手元および入手方法に関しては、どちらでもよいかと思いますが、一つの考え方として複製におけるトレーサビリティーを強く意識するのであれば、入手元は「社内」で、入手方法は「スキャン」の方が適切だと思います。